Nama Al-Amin: Nama institusi ini diambil dari gelaran yang diberikan kepada Rasulullah S.A.W kerana sifatnya yang amanah.

Bentuk Bulat: Logo yang berbentuk bulat melambangkan Islam yang syumul (universal).

• Warna biru pada bulatan luar merupakan warna rasmi sekolah yang melambangkan kecintaan kepada Allah dan Rasul.
• Warna hijau pada bulatan kecil pula melambangkan kemegahan Islam.

Kaabah: Kaabah adalah sebagai lambang wehdah ummah dalam aspek ketauhidan dan pengibadatan.

• Warna putih dan kelabu pada kaabah melambangkan tujuan hidup manusia adalah untuk beribadat kepada Allah tanpa mengira waktu siang dan malam.

Tulisan Iqra’: Tulisan Iqra’ yang tertera di atas Al-Quran membawa erti ‘baca’ – menekankan kepentingan menuntut ilmu yang membawa kepada keimanan dan kebaikan di dunia dan akhirat sebagaimana yang disebut dalam surah Al-Alaq.

Al-Quran: Al-Quran yang terbuka membawa erti generasi yang hendak dibina oleh Al-Amin adalah generasi yang menjadikan Al-Quran sebagai petunjuk dan pegangan hidup yang abadi.

• Warna putih pada Al-Quran melambangkan fitrah kanak-kanak yang dibentuk suci bersih.